合同的簽訂不能背離招投標文件所載的實質性內容或者再行簽訂背離合同實質性內容的其他協議。實質性內容指招標文件和投標文件所確定的基本內容包括招標方對招標文件的澄清、修改、補充等內容。主要指工程價款、投標方案、工程工期、質量標準等，否則應承擔法律責任。

應特別注意合同中專用條款的約定。建設工程合同一般分為通用條款和專用條款，通用條款是指適宜于所有的招投標建設工程的條款，屬于格式條款，專用條款是指僅適用于具體工程建設，由當事人雙方約定的條款，高質量的合同主要體現在專用條款的約定上，專用條款越細化。其中重要的需注意幾點是：

一、發包方、承包方為工程施工創造條件和創造環境的權利和義務分擔的約定。我國一般在合同中約定由承包人承擔，其費用則由發包方承擔；承包方的主要工作為負責施工場地周圍地下管線和鄰近物、構筑物、文物、古樹名木的保護，但費用由建設方承擔等。

二、合同價款的約定。合同價款的方式有三種：固定價格、可調價格、成本加酬金價格，采用哪一種價格方法由雙方協商確定，若采用固定價格則應有合同價款包括的風險范圍。

三、合同工期的約定。主要是約定除因發包人、監理工程師的原因和設計原因，停電、停水、停氣及不可抗力原因造成的出現工期順延以外的具體情形，如有人為的阻撓施工、非由于施工人的原因，設備、機械的突然損壞等，此等情形方可順延。

四、隱蔽工程和中間驗收 。應約定中間驗收的具體部位及驗收的具體方式方法、驗收程序、驗收要求等。

五、材料、設備供應的約定。應詳細約定如由發包人負責材料和設備時的責任承擔或由承包人負責供應時的責任承擔。一般地說，發包人負責供應時責任要重于承包人，但發包人得到的好處是可以節約工程造價，對此，發包人享有選擇權。


六、工程分包的約定。雙方應約定要分包的具體工程名稱和承擔分包工程的具體施工單位 ，再約定就分包工程三方簽訂單獨合同。

七、違約責任的約定。對違約金的約定要符合法律規定，不能過分高于或低于一方違約給對方造成的損失；此外，還應約定違約損失的范圍，特別是可得利益的損失的范圍。

八、解決糾紛方式的約定。可約定協商、仲裁、訴訟三種方式，協商不成的，可以提交仲裁或訴訟，但不能在合同中同時約定既可仲裁又可訴訟，只能約定二者之一。